Christian Berger wurde 1951 in Freiburg geboren und ist in Aachen aufgewachsen, wo er 1971 sein Abitur ablegte. Nach dem Studium der Schulmusik (Staatsexamen Freiburg 1975, Hauptfach Violine) und der Musikwissenschaft mit den Nebenfächern Geschichte und Mathematik in Freiburg, Hamburg, Berlin und Kiel wurde er 1982 in Kiel von Friedhelm Krummacher mit einer Arbeit über Hector Berlioz’ Symphonie fantastique promoviert.
1981 bis 1989 war er in Kiel bei Fritz Reckow als Assistent, nach der Habilitation über ein Thema des französischen Liedes im 14. Jahrhundert im Jahre 1989 dort bis 1994 als Oberassistent tätig, zugleich war er von 1991 bis 1994 Konzertmeister des Collegium musicum der Kieler Universität. Von 1990 bis 1995 nahm er Vertretungen in Heidelberg, Bonn, Regensburg, Detmold und Greifswald wahr, bis er 1995 nach Rufen auf Lehrstühle in Greifswald und Marburg dem Ruf auf den Lehrstuhl für Musikwissenschaft an der Universität Freiburg folgte.
Von 1998 bis 2001 war er Schriftleiter des Aufsatzteils der Musikforschung, 1999/2000 Prodekan der damaligen Philosophischen Fakultät I. An der Universität Freiburg ist er Mitglied im Frankreich-Zentrum und im Mittelalterzentrum.
Schwerpunkte seiner Forschung sind die Musiktheorie des Spätmittelalters, insbesondere die Hexachord- und Modus-Lehre, die französische Chanson des 14. und 15. Jahrhunderts, die deutsche und italienische Instrumentalmusik des 17. Jahrhunderts, insbesondere Heinrich Ignaz Franz Biber, und die französische Musik und Musikanschauung des 18. und 19. Jahrhunderts mit einem besonderen Schwerpunkt bei Hector Berlioz; weitere Arbeitsprojekte betreffen Richard Wagner, Anton Webern, dazu Fragen der Ästhetik im 18. und 19. Jahrhundert.