Die der Universität Freiburg gehörende Mathislemühle auf der Gemarkung Hinterzarten wurde 1798 erbaut. Sie ist seit 1958 im Besitz der Müller-Fahnenberg-Stiftung der Universität und wird seit 1973 von der Forstwissenschaftlichen Fakultät (jetzt Fakultät für Umwelt und Natürliche Ressourcen) als Fachschafts- und Seminarhaus genutzt. Sie gehört zum gleichnamigen Mathislehof und wurde – wie der Name schon sagt – früher als Mühle genutzt. Das Hofgut wurde 1908 an die Freiburger Kaufleute Norbert Müller und Karl Schöck verkauft. Die Erben Norbert Müllers stifteten den umfassenden land- und forstwirtschaftlichen Besitz testamentarisch der Universität Freiburg.
Da der dazugehörende gut 100 ha umfassende Wald durch testamentarische Verfügung als Lehrwald genutzt werden sollte, entstand bald die Idee, die Mathislemühle als Fachschaftshaus zu nutzen. Dies geschah in bescheidenem Umfang bereits ab 1959. Nachdem sich der bauliche Zustand besorgniserregend verschlechtert hatte, wurde 1971/1972 eine umfassende Sanierung durchgeführt, die eine Nutzung als Seminarhaus ab 1973 ermöglichte. Der damalige Rektor der Universität hat sich sehr dafür eingesetzt, die Verantwortung der Universität zur Erhaltung der als Kulturdenkmal eingestuften Mühle mit einer zeitgemäßen Nutzung durch vor allem die damalige Forstwissenschaftliche Fakultät zu verbinden. Aufgrund der intensiven Nutzung als Fachschafts- und Seminarhaus erwies sich eine erneute Sanierung 1997 als unumgänglich. Im Zuge der Baumaßnahmen von Oktober 1997 bis April 1998 wurden die Wasserversorgung und die sanitären Einrichtungen vollständig erneuert mit dem Ziel, ein den heutigen Anforderungen genügendes Seminar- und Tagungshaus weiterführen zu können, ohne den Charakter des historischen Holzhauses mit seiner „Ständer-Bohlenkonstruktion“ zu beeinträchtigen. Gleichzeitig wurden umfassende Maßnahmen zur Instandsetzung der Bausubstanz durchgeführt.
