1889–1946
Auch wenn es seit den 1860er Jahren immer wieder Versuche gab, einen Lehrstuhl für Alte Geschichte zu eröffnen, erfolgte dies erst 1889. Zu Beginn teilte sich das gesamte historische Seminar nur einen einzigen Raum, bis 1891 die Klassische Philologie sowohl die Alte Geschichte als auch die Klassische Archäologie zu sich ins Seminar einlud. Dort blieben die Archäologie und Alte Geschichte, auch als die Philologie umzog. Erst 1911, mit der Eröffnung des neuen Kollegiengebäudes I, trennte sich die Alte Geschichte von ihrer Nachbardisziplin und erhielt eigene Seminarräume.
Als erster Lehrstuhlinhaber wurde Ernst Fabricius berufen. Seine Forschungsschwerpunkte lagen in der griechischen Epigraphik und Topographie mit besonderem Fokus auf Pergamon. Ab 1898 beteiligte er sich als dritter Leiter an den Limes-Untersuchungen, deren alleinige Leitung er schon vier Jahre später übernehmen sollte. Seine Herausgeberschaft der Publikationen erfolgte bis ins Jahr 1937. 1909 trat die Universitätsbibliothek in das Deutsche Papyruskartell ein, wodurch mehrere Papyri erworben wurden. Durch Fabricius‘ Engagement – u.a. am Neubau des Kollegiengebäudes I – wurde er 1911 zum Prorektor der Universität gewählt.
Nachdem Fabricius 1926 emeritiert wurde, folgte 1927 Walther Kolbe als Professor. Auch er verfolgte ein epigraphisches Interesse in seiner Forschung. In den letzten Jahren lag sein Fokus besonders auf der Akropolisforschung. Zu seiner Emeritierung kam es nie, da er 1943 noch im Amt verstarb. Er bezog weder öffentlich noch in seinen Publikationen Stellung zum Dritten Reich. Nach Kolbes Tod wurde Joseph Vogt als Professor eingesetzt, der 1946 wieder an den Lehrstuhl der Alten Geschichte Tübingen zurückkehrte.
1946–1985
In den Jahren zwischen 1946 und 1948 ist die Besetzung des althistorischen Lehrstuhles von Vertretungen und Vakanzen geprägt. Besonders hervorgehoben sei in dieser Zeit das Engagement Gerold Walsers, der sich als Erster seit Ende des Krieges in Freiburg in der Alten Geschichte 1953 habilitierte und seine gesamte Bibliothek dem Freiburger Seminar für Alte Geschichte stiftete (Walser-Bibliothek).
1948 wurde Herbert Nesselhauf zum Professor berufen. Nur zwei Jahre später wurde er zum Dekan der Fakultät gewählt. Auch er forschte zur Epigraphik und arbeitete am Corpus Inscriptionum Latinarum mit.
Unter Nesselhauf wurde 1961 die Münzsammlung der Universität Freiburg erworben. Die Einrichtung einer zweiten Professur des althistorischen Seminars geht auch auf Nesselhaufs Initiative zurück. 1962 wurde diese mit Hermann Strasburger besetzt. Durch weitere Bemühungen Nesselhaufs konnte 1966 die Abteilung für provinzialrömische Archäologie an der Universität geschaffen werden.
Renate Zoepffel wurde 1981 als erste Frau zur außerplanmäßigen Professorin ernannt. Sie setzte sich als Gleichstellungsbeauftragte der gesamten Universität mit Marieluise Deißmann-Merten und Gudrun Gehrke für die Gründung der Uni-Kita ein. Dafür wurden sie 1999 mit dem Frauenförderpreis der Universität ausgezeichnet.
1985–2010
Seit dem Ende der 1980er Jahre haben sich unter Jochen Martin und Hans-Joachim Gehrke am Seminar zwei neue Entwicklungen ergeben, die sich bis heute auswirken. Einerseits wurde mit der Historischen Anthropologie ein neuer Forschungsschwerpunkt erschlossen. Andererseits haben sich die am Seminar Tätigen intensiv an koordinierten und interdisziplinären Forschungsprogrammen beteiligt. Dadurch konnte das Seminar für Alte Geschichte an Sonderforschungsbereichen, Graduiertenkollegs und Schwerpunktprogrammen der DFG mitwirken. Im Zuge eines derartigen Projekts kam auch Astrid Möller nach Freiburg, die heute noch als außerplanmäßige Professorin am Seminar tätig ist.
Darüber hinaus stand der Ausbau neuer interdisziplinärer und vor allem internationaler Studiengänge im Fokus. Als Beispiele seien neben dem Masterstudiengang Interdisziplinären Anthropologie der Trinationale Master Altertumswissenschaften und der European Master in Classical Cultures genannt. Die Kooperation mit den benachbarten Universitäten in Frankreich und der Schweiz (Collegium Beatus Rhenanus) hat dabei einen besonderen Stellenwert. Zusätzlich werden auch Studierende persönlich durch die Koordination des Erasmus-Programmes zum Austausch ermutigt und dadurch international gefördert.
Die erste ordentliche Professur einer Frau erfolgte im Jahr 2010 mit der Berufung Sitta von Redens.