Das kollegiale Rektorat leitet die Universität Freiburg. Das Rektorat ist unter anderem für die Struktur- und Entwicklungsplanung einschließlich der Personalentwicklung, die Planung der baulichen Entwicklung sowie die Aufstellung und den Vollzug des Wirtschaftsplans zuständig. Zudem vollzieht das Rektorat die Beschlüsse des Senats und des Universitätsrats.
Die Rektorin vertritt die Universität Freiburg und ist Vorsitzende des Rektorats und des Senats. Die Organisation und die Verfahrensweisen des Rektorats der Universität Freiburg regelt die Geschäftsordnung des Rektorats.
Das Rektorat oder einzelne seiner Mitglieder berät sich in regelmäßigen Abständen mit den Dekan*innen und Studiendekan*innen der Fakultäten.