Silja Vöneky organisiert regelmäßig internationale Konferenzen und interdisziplinäre Symposien, deren Ergebnisse publiziert werden, wie u.a. Virtual Conference: Global Perspectives on Responsible AI (25 & 26 Juni 2020), veröffentlicht als The Cambridge Handbook of Responsible AI, CUP 2022, „Human Rights, Democracy, and Legitimacy“ (3.-4. Mai 2016, Harvard Law School, USA, veröffentlicht 2018, CUP), „Das Missbrauchsrisiko in den Biowissenschaften – Biosicherheitsrelevante Forschung zwischen Freiheit, Fortschritt und Verantwortung“ (3. Juli 2014, Freiburg i.Br.), „The Ethicalization of Law – Fundamental Questions, Dangers and Opportunities from an Interdisciplinary Perspective“ (29.-30. September 2011, Freiburg i.Br.), “Law of the Sea in Dialogue” (4.-5. Dezember 2009, Heidelberg), “Demokratische Legitimation ethischer Entscheidungen” (29.-30. November 2007), „Terrorism as a Challenge for National and International Law“ (24.-25. Januar 2003, Heidelberg) und “Towards an International Ban on Human Cloning” (7.-8. Oktober 2003, Heidelberg).
Im Jahr 2025 organisiert sie als Co-Direktorin die HRRC-Konferenz “Human Rights in the Balance: Safeguarding Social and Environmental Sustainability” zusammen mit Sebastian Wogenstein (UConn), Shareen Hertel (UConn) und Ralf von den Hoff (FRIAS).