Die Stiftungsverwaltung sorgt dafür, dass alle erwirtschafteten Mittel ungeschmälert dem gewünschten Förderbereich zufließen. Bei den einzelnen Stiftungen ist in den Satzungen festgelegt, wer über die Verteilung der Mittel entscheidet (z.B.: Rektor*in der Universität Freiburg entscheidet im Einvernehmen mit dem Dekan). Ein wichtiges Kontrollinstrument für die Stiftungen sind die jährlich aufzustellenden Wirtschaftspläne sowie die Bilanzen und Abschlüsse für die Vermögen. Die Bilanzen werden dem Universitätsrat als Aufsichtsgremium zur Entlastung des Rektorats und der Stiftungsverwaltung vorgelegt. Das Vermögen wird getrennt vom Landeshaushalt verwaltet und gemäß den Anlagerichtlinien der Universität angelegt.
